Unmittelbaren Anlass zur Gründung der NachDenkSeiten bot die Errichtung der Initiative Neue Soziale Marktwirtschaft im Oktober 2000. Albrecht Müller versuchte zunächst, zwischen dem März 2001 und dem Jahr 2003 mit Hilfe der IG Metall, des Deutschen Gewerkschaftsbundes und der Otto-Brenner-Stiftung eine Website ins Leben zu rufen, die sich kritisch mit den Standpunkten auseinandersetzen sollte, die damals von den Metallarbeitgebern in die gesellschaftspolitische Diskussion eingebracht wurden. Die Gespräche scheiterten aber. Deshalb gründete er mit Wolfgang Lieb als Mitherausgeber die NachDenkSeiten ohne gewerkschaftliche Unterstützung. Der erste Blogbeitrag in den NachDenkSeiten wurde von Albrecht Müller am 30. November 2003 veröffentlicht. Im März 2011 wurde Jens Berger, der das inzwischen stillgelegte Blog Der Spiegelfechter betrieben hatte, neu in den Kreis der Autoren aufgenommen.

Am 23. Oktober 2015 stellte Wolfgang Lieb seine Mitarbeit bei den NachDenkSeiten ein.

Zugriffszahlen und Verbreitung

Laut Spiegel Online hatte die Seite 2008 bis zu 25.000 Besucher am Tag. Dem Deutschlandfunk zufolge zählte das Blog im Jahre 2012 etwa 60.000 Leser täglich. Das Website-Analysetool Similarweb gibt für die Nachdenkseiten im Zeitraum Juli bis September 2023 gut 65.000 tägliche Besuche an, rund viermal so viele wie für freitag.de und netzpolitik.org bzw. knapp 30 % mehr als für cicero.de.

Staatliche Gegenoffensive

Am 17. November 2022 gaben die NachDenkSeiten (NDS) bekannt, dass ihrem Förderverein IQM e.V. durch das Finanzamt Landau mit Wirkung zum 31. Dezember 2022 die Gemeinnützigkeit aberkannt wurde.

Nachdem im März 2022 der russische Kanal RT DE EU-weit verboten (zensiert) wurde, um die russische Sichtweise und die Hintergründe die zu der der Militäroperation in der Ukraine zu verhindern, wechselte im Juni 2022 der frühere RT-Online-Chef Florian Warweg zu den NachDenkSeiten und wurde von diesen auch in die Bundespressekonferenz (BPK) entsandt. Um die Aufnahme Warwegs dort entspann sich eine Kontroverse und mehrere Mitglieder legten Widerspruch dagegen ein. Der Mitgliedsausschuss der BPK lehnte daraufhin die Aufnahme Warwegs aus formalen Gründen ab, da seine bei den NachDenkSeiten veröffentlichten Beiträge angeblich nicht belegten, dass er „ständig und weit überwiegend“ über deutsche Bundespolitik schreibe, Warweg klagte daraufhin beim Landgericht Berlin auf Aufnahme in den Verein und Zugang zur BPK. Die Klage scheiterte bezüglich des Aufnahmewunsches, war aber bezüglich des Zugangs zu den Regierungspressekonferenzen erfolgreich. Der Verein legte Rechtsmittel ein.